Депо «Черкизово» введено в эксплуатацию 24 июня 1989 года. Данная тяговая часть совместно с ТЧ-1 «Северное» обслуживает Сокольническую линию московского метрополитена.

Тринадцатое электродепо московского метрополитена было открыто вместе с участком «Преображенская площадь» — «Улица Подбельского». Пуск этого сравнительно небольшого участка добавил на Сокольнической (тогда ещё Кировско-Фрунзенской) линии не так уж много поездов, поэтому в основном новое депо взяло на себя работу перегруженного «Северного» и основную часть поездов получило оттуда. Это были вагоны типов Е, Еж, Еж1, Ем-508 и Ем-509, уже отработавшие к тому моменту в среднем по 20 лет в разных депо. Кроме этого, вагоны данных типов поступали в «Черкизово» из депо «Калужское» и «Свиблово», переходивших на вагоны 81-й серии.

В 1997 году в ТЧ-13 началось поступление с Мытищинского машиностроительного завода новых вагонов типов 81-714.5М/717.5М. На первых порах новые вагоны обкатывались в депо «Свиблово», затем они стали поступать непосредственно в «Черкизово». Наиболее старые вагоны типа Е в депо стали списывать, более новые вагоны передавались в депо «Северное», где тоже списывали наиболее старые вагоны Е. В 1999 году замена вагонного парка «Черкизово» была завершена. Сейчас в Черкизово работают только вагоны производства ОАО «Метровагонмаш».