Первая очередь самого нового петербургского электродепо была введена в строй 1 февраля 2000 года. Депо «Выборгское» обслуживает Правобережную линию петербургской «подземки».

Вагонный парк Правобережной линии, представленный шестивагонными составами, состоящими из вагонов типов 81-717/714, 81-717.5/714.5 и 81-540/541, был передан в ТЧ-6 только весной 2001 года. После этой даты из ТЧ-3 в ТЧ-6 было передано несколько вагонов типов 81-717/714.

В 2004 году под удлинение линии до станции «Комендантский проспект» электродепо «Выборгское» получило 2 состава из вагонов типов 81-717/714 из депо «Московское», а также 3 новых состава из вагонов типов 81-540.8/541.8 с увеличенной кабиной машиниста. На данный момент это самые новые составы петербургского метрополитена.